Релиз фильма «Гарри Поттер и узник Азкабана» состоялся в 2004 году. По мнению многих в этом фильме Эмма сыграла уже более зрело и профессионально. Эмма о Гермионе Грейнджер: «Мне нравится играть Гермиону, она очень харизматична. Это просто фантастическая роль, особенно в третьем фильме». По мнению The Washington Post, игра Эммы в этом фильме была «намного более выдающейся по юмору и по духу», нежели игра Дэниела Рэдклиффа. The New York Times писала: «К счастью, вялость Дэниела Рэдклиффа возмещена безудержностью Эммы Уотсон. Гарри может похвастаться своими возрастающими магическими способностями… Гермиона же… заработать самые громкие аплодисменты своим решительно немагическим ударом по носу Драко Малфоя». Тем не менее этот фильм стал самым неудачным из всех с точки зрения коммерческого проката. Эмма получила за свою роль в этом фильме две награды Otto Awards и награду в номинации «Лучшая детская роль года» от Total Film.