Следующая работа Макгрегора кардинальным образом отличалась от его предыдущих проектов — это была роль джедая Оби-Вана Кеноби в монументальном голливудском фантастическом фильме «Звёздные войны. Эпизод I: Скрытая угроза», первом эпизоде трилогии-приквела Джорджа Лукаса. Персонажу Юэна было отведено важное место в эпопее, в частности он был наставником Анакина Скайуокера, впоследствии перешедшего на Тёмную сторону Силы под именем Дарта Вейдера. Картина имела огромный успех: она собрала почти миллиард долларов, попав на пятое место в списке лидеров кинопроката всех времён. Сам Макгрегор был несколько разочарован фильмом и отметил, что готовящаяся к выпуску вторая серия саги будет более похожа на оригинальную трилогию.