Но растущая политическая и экономическая сила набатеев стала беспокоить Рим. И после смерти последнего набатейского царя Раббела II в 106 году н.э. римляне полностью утвердились в набатейском государстве, назвав его Аравийской Петреей. Петра, однако, сохранила относительную автономию, получив статус метрополиса.
Шли годы, проходили века, менялся мир. Вдоль побережья Аравийского Полуострова набирала силу морская торговля, В Сирии расцвел новый мощный коммерческий центр — Пальмира. Старые торговые пути были смещены, и неожиданно Петра оказалась не у дел. Коммерция становилась для набатеев все менее прибыльной, их столица хирела… И вот в IV веке н.э. город покинули его жители. Историки и археологи не могут назвать конкретную причину этого исхода. Археологи почти не находят при раскопках в Петре материальных ценностей И Монет, и это говорит о том, что набатеи покидали свою столицу неспешно и организованно. Больше об этом ничего не известно.
С этого момента цветущая прежде Петра оказалась «городом мертвых», затерянным в песках.
