Эгейское море ранее называлось морем Архипелага. Однако в конце плиоцена и в плейстоцене суши (Эгеида) погрузилась в море, а остатками Эгеиды являются многочисленные острова, которых здесь более 2000. Крупнейшие острова — Эвбея, Крит, Лесбос, Родос, Самос.