Здание мечети, которое ныне является музеем, а в официальных документах именуется как Здание с аркадой. Это единственное отлично сохранившееся строение на территории крепости.
Существует несколько теорий о предназначении этого здания. Одна из них гласит, что изначально это был христианский храм и после захвата Судака татарами его переделали в мечеть. Согласно другой версии, здания было построено генуэзцами в 1365 году и после переделано в мечеть. Еще есть версия, что это купольное здание было построено татарами или турками-сельджуками как мечеть, а генуэзцы его переделали в католический храм.
Раскопки же, проведённые в 1962 году снаружи и внутри купольного здания, говорят, что оно изначально было построено как мечеть. Во-первых, не было обнаружено никаких следов предшествующего христианского храма и никаких ему сопутствующих погребений. Во-вторых, это подтверждается тем, что основания существовавших ранее галерей и минарета сложены в перевязь с фундаментом здания.