Эгейское море — одна из колыбелей античности, и нескольких крупных цивилизаций. В разное время в бассейне моря развивались Древнегреческая, Древнеримская цивилизации, Византийская и Латинская империя, Болгарское царство, Венецианская республика и Османская империя.
Кроме того, здесь располагался вулкан, ставший виной одного из самых известных извержений в истории, которое похоронило минойскую цивилизацию.