Несмотря на богатую растительность и принятые природоохранные меры, в обозримом прошлом 3 вида фауны, обитающих в парке, полностью вымерло, а ещё 37 имеют специальный статус либо в калифорнийском, либо в федеральном списке видов, которым угрожает опасность исчезновения. Наиболее серьёзными угрозами для йосемитской дикой природы в настоящее время являются лесные пожары, интродуцированные виды, загрязнение воздуха, раздробление естественных мест обитания и изменение климата. Также учитываются такие факторы, как попадание животных под колёса автомобилей и употребление некоторых видов в пищу людьми.