Отсутствие достаточного количества пищи существенно ограничивало рост населения. До окончательного захвата европейцами и практически полного истребления индейское население всё же пыталось формировать подобия государств (например, Конфедерация Салинас Грандес). Низкий уровень развития патагонских индейцев и их уничтожение колонизаторами подробно описал в своих книгах Чарльз Дарвин. По договору, заключенному между Чили и Аргентиной, Патагония была разделена вдоль оси Анд до 52° ю.ш. Аргентинская часть Патагонии делится на 3 провинции: Рио-Негро, Чубут и Санта-Крус.
Чилийская часть охватывает южную часть области Лос-Лагос, континентальные части областей Айсен-дель-Хенераль-Карлос-Ибаньес-дель-Кампо и Магальянес-и-ла-Антарктика-Чилена.